植村堪介 Kansuke UEMURA

PhD Student at Ide lab.
current interest: rupture dynamics, EQ statistics, evolution of fault systems

. memorandom 備忘

コメントアウト

markdown: [](.*) .or. <!-- .* -->
css: /* */
json: //
fortran: !

print code via pdf

enscript --pretty-print=fortran_pp --color --line-numbers -H1 --columns=2 --landscape hoge.f90 -o hoge.ps ps2pdf hoge.ps  
enscript --help-pretty-print | grep Name

A4サイズにする方法は不明

Fortran debug

gfortran -fbounds-check -Wall -fbacktrace 
ifort -CB -warn all -traceback -check all

Fortran 組込手続き

MAXVAL, MINVAL: 配列中から最大値最小値を探す。MAXVAL(x, mask= x>0)で正値から探せる
MAX(x,y): 上記といつも間違える
MINLOC: 最小値を取る要素のidを取得。オプショナルな引数DIM=1で配列の次元を与えたほうが良い。
pack(x, y) 配列xから論理値yに該当するものを抜き出した新たな配列を返す
unpack (x, y, z) 配列ｚの論理値配列yに該当する要素を配列xの要素で置換する
where 配列中から特定の要件を満たす要素について処理を行う
where (x>0); x = 1d0; else where; x = -1d0; end where
forall: whereを一般化したもの。参照

vim でソート

sort f /\v([^ ]+ +){5}/ ６番目の要素について実数として整列。逆順は!を付ける。
!sort -k 6,6でbash(csh?)のsortを用いることが出来る。このほうが楽。重複内容を消す場合は-uをつける。逆順は-r。テキストが綺麗に整形されていない場合:

0.010   10.10
 0.020    10.00

-b をつけるとよい。

coarray fortran

現状ではifortでifort -coarray ***.f90とコンパイルすると、mpiexec.hydraが実行プログラム(?)として指定され、それが使えない環境(e.g., EIC@ERI)では利用ができない。 WSLでは実行が途中でkillされてしまう。
並列数の指定は、ifort -coarray-num-images=4とやるか、実行時に環境変数export FOR_COARRAY_NUM_IMAGES=4とするらしい。本当にMPIになっているのか若干不安

numpy/matplotlibでの多次元配列の読み込み

numpy.loadtxt はおそらく2次元配列までしか読み込めない。多次元配列(時間+x軸+y軸+複数物理量)を読み込みたい場合は、一度2次元で読み込んでからnumpyで配列の形状を変更する必要があると思われるが、 scipy.io.FortranFileを用いれば、fortranの’unformatted’なバイナリ出力をそのまま読み込むことができる。

open(60, file="hoge", format="unformatted", action="write", status="replace", iostat=ios)
write(60) A(1:n,1:n2)
write(60) B(1:n,1:n2)
close(60)

と出力したのを、配列ごとに読み込むことが出来る。ただし、fortranの’unformatted’出力はコンパイラに依存することもあるようなので注意とのこと(scipyドキュメントより)
たとえば

write(60) A, B

と

write(60) A
write(60) B

が同一かどうかという問題と、バイトオーダーの問題などがあるらしい。参照

numpy.fromfileはあまりよくなさそう

ここにfortranから.npyファイルを出力するライブラリがあるらしいが、内容は未確認。

fortran binary

fortranのバイナリ出力にはbinaryとunformattedがあるが、前者はfortran独自規格。

OracleのSun Studio Fortran 95のドキュメントには「FORM=‘BINARY’ と指定すると、レコード長がファイルに組み込まれない」と書かれている。

pandoc

pandoc -f markdown -t html -s index.md
pandoc index.md -s --toc --toc-depth=3 -o index.html

-sを付けないと<head>その他が付かない。cssはマークダウンのヘッダーに css: ./style.cssを追加。
table-of-contentの場所はmarkdown内では明示することが出来ず、デフォルトでは<nav>要素になるので、cssでいじるしかない。あるいはテンプレートをいじるか。

tocを使う際、見出し要素に{.unlisted}をつけると目次から除外される。{.unnumbered}はダメ。

Xcript

謎

jupyterlab

編集内容が消えたとき: メニューの“File”→“Revert notebook from checkpoint”“Reload notebook from disk”を試すとよさそう。勝手にバックアップを取るのが悪さをしているのか。ログアウト前に全てのタブを閉じたほうがよい？

出力

HTML出力をしたい場合はFile -> Exportできる。

コード部分を非表示にしたい場合の一つの方法は、出力されたファイルのcssの編集。 divのクラスinputをdisplay: noneにすればコード部分が消える。
あるいは、jupyter nbconvert --to HTML --no-input FILENAME.ipynbとやる。

画像表示

コード中の場合はmatplotlibか

from IPython.display import Image
Image('./hoge/hoge.png')

Markdown中は

![ホバーで表示される文言]("./hoge/hoge.png" タイトル？)

と書けばよい。

x11 on WSL2

2020/4/23において、WSL2上でgnuplotなどを使おうとすると、 VcXsrvなどのxserverとの通信がWindows Defenderのファイアウォールに遮断される。

「セキュリティが強化されたWindows Defenderファイアウォール」のプロパティから wEthernet(WSL)のファイアウォールを停止する
同上の「受信の規則」のVcXsrv windows xserverの設定を変更する (「全般」タブで接続を許可 && 「詳細設定」でパブリック/プライベートを適用対象にする && 「スコープ」のリモートIPアドレスに利用するssh -X 接続先のIPを追加)

の2つの方法がある。当然、後者のほうがよい。

neovim-remote

:echo g:servernameでneovimが/tmp/nvimsocketを利用しているか確認。
nvr -lで別タブで開く。